Ledakan terakhir, yang kesembilan, terdengar pada pukul 03.40, sepuluh menit setelah Kepala Kepolisian Resor Magelang, Daerah Istimewa Yogyakarta, tiba di tempat kejadian.
Diketahui bahwa bunyi tersebut merupakan bunyi bom yang sengaja ditujukan untuk menghancurkan situs tersebut. Rupanya pengeboman dilakukan oleh sekelompok orang. Hasil penyelidikan polisi menyatakan bahwa dalang dari peristiwa tersebut bernama Ibrahim alias Mohammad Jawad.